Entretien avec Joris Borgdorff

From AIMSWiki

Q: Comment avez-vous connu Africa@home et comment vous y êtes vous engagé ?

Je travaillais à SACEMA (http://www0.sun.ac.za/sacema/) sur le HIVMM qui est un modèle de micro simulation développée avec Carel Pretorius. HIVMM est un outils rentable de modélisation, principalement du SIDA et le la tuberculose mais aussi pour des interventions contre ces maladies. J’ai fait un stage de six mois à Stellenbosh en Afrique du Sud. Le HIVMM est une nouvelle modélisation, et nous avons vraiment commencé à la développer et à la valider en fonction d’un prototype existant. Peu après que je sois arrivé, SACEMA a organisé une conférence sur la micro simulation. Roel Bakker de Rotterdam était un des participants. Il avait une modélisation qui ressemblait beaucoup à la nôtre et qui s’appelait STDSIM (une modélisation de soutien pour contrôler le SIDA et d’autres MST). Après l’atelier, il est donc revenu pour collaborer directement à la pratique, pour voir si le Centre Médical Erasmus de Rotterdam Erasmus Medical Centre of Rotterdam (http://www.erasmusmc.nl/content/englishindex.htm) et SACEMA pouvait travailler ensemble plus étroitement. C’était presque à la fin de mon stage à SACEMA. J’ai apprécié la modélisation de micro simulation et je lui ai demandé s’il avait du travail pour moi en Hollande. Il a été le premier à me parler de Africa@home.

Q: Et vous avez commencé à travailler avec l’équipe STDSIM à Rotterdam. Dites-moi, qu’est–ce que les STDSIM ?

Les STDSIM modélisent les maladies sexuellement transmissibles (MST). Cela représente une carte d’un grand réseau d’individus, cherchant à définir comme se transmettent les MST parmi eux. La modélisation elle-même est assez abstraite. Elle définit différents facteurs, comme par exemple les relations sexuelles pendant la maladie, la réaction au traitement et l’impact des maladies liées sur l’évolution de la pandémie. Vous pouvez utiliser ces données pour mener des études payantes afin de voir quelle sorte d’interventions auront un impact positif et pourquoi. Par exemple, l’Ecole d’hygiène et de médecine tropicales de Londres (London School of Hygiene & Tropical Medicine (http://www.lshtm.ac.uk) (LSHTM)) a étudié l’évolution des MST dans quatre villes africaines. Ils ont observé des déclarations et une propagation record.

Q: Et quel est votre rôle au sein de l’équipe STDSIM ?

J’essaye d’augmenter l’échelle de la modélisation de STDSIM. Et cela a été fait en partie. Il est à présent possible de créer une grande quantité de scénarios. L’analyse d’un tel volume de données reste cependant encore un défi. Je travaille en étroite collaboration avec Roel Bakker, le principal promoteur de STDSIM. Il connaît les secrets. J’ai appliqué BOINC à STDSIM. Il y avait quelques petites choses qui en avaient besoin pour que ça marche. Par exemple, nous avions besoin d’utiliser Java. Cela a été repris par un autre volontaire, Ranaivo, travaillant à l’Université de Genève.

Q: Pourquoi utiliser BOINC ?

Le principal objectif est précisément d’être capable d’obtenir beaucoup de puissance informatique. Cela ouvre tout un nouveau champ de validation des modélisations. Vous pouvez concevoir plusieurs modélisations et les comparer. Sans BOINC, vous ne pourriez pas le faire. Un aspect de STDSIM est le fait qu’il ait eu un impact positif sur son image auprès du public. Il est devenu plus connu grâce à BOINC. L’objectif est également de montrer à certains scientifiques les bénéfices des modélisations de micro simulation plutôt que les modélisations simplifiées.

Q: Comment envisagez-vous votre futur avec le projet the Africa@home ?

Dans le cadre de STDSIM, j’aimerais partager quelques connaissances que j’ai avec les autres. Leur montrer comment fonctionne la modélisation et comment elle peut être utilisée. J’aimerais aussi rester à disposition. J’aiderai certainement à faire avancer la modélisation sur BOINC. J’aimerais également entrer en contact avec un autre groupe utilisant une méthode d’optimisation qui fonctionne mieux lorsqu’il s’agit de traiter de grandes quantités de données. J’aimerais voir ce qu’ils peuvent faire avec BOINC et comment ils peuvent le faire évoluer. Cependant je ne serais pas impliqué dans l’usage principal de BOINC.

--Viola Krebs, ICVolontaires, traduction française Sophie Colesse, 23:41, 7 Aug 2007 (SAST)